Gedung Gereja Onekore, sejak berdirinya Onekore sebagai satu Paroki berawal dari sebuah kapela kecil sederhana non permanen yang berada di kampung onekore. Kapela ini didirikan pada tahun 1930 oleh Pater Regional saat itu, Karl Stenzer, SVD. Menurut catatan Kapela ini digunakan hingga tahun 1960. 

Selain kapela di Onekore, di masa P. Frans Cornelissen, SVD yang adalah perintis sehingga terbentuknya Paroki Onekore mengadakan Perayaan Ekaristi di salah satu ruangan Vedapura untuk murid-murid SGB Negeri dan umat Katolik di sekitarnya. (alamat letak Kapela Verdapura tidak diketahui persis posisinya). Kapela ini digunakan hingga P. Clemens Pareira,SVD memanfaat kapela sebagai gudang.

Perkembangan umat semakin banyak. Kapela kecil di kampung Onekore tak lagi mampu menampung jumlah umat yang banyak. Maka direncanakan untuk merenovasi kapela onekore agar lebih luas. Br. Frans,SVD diminta membantu membuat perhitungan anggaran agar renovasi dapat dilaksanakan. Anggaran untuk merenovasi kapela oleh Br. Frans,SVD sebesar Rp. 17.000,-. Renovasi yang dilakukan saat itu hanya bagian barat dari kapela Onekore.

Saat Paroki Onekore dibentuk pada 22 Januari 1959 tercatat jumlah umat sebanyak 1.500 jiwa. Oleh Pater Anton Aarts, SVD Pastor Paroki Onekore pertama melihat kapela Onekore sama sekali todak dapat menampung jumlah umat saat merayakan Ekaristi pada hari Raya. Banyak Umat yang berdiri di luar Kapela apabila misa pada hari raya. Maka melalui Rapat Dewan Gereja Paroki Onekore bersama Pastor Paroki direncanakan renovasi kembali kapela bagian Timur dan diperluas. Tercatat kapela diperluas bagian timur seluas empat meter.

Gereja Lama Tampak Luar

Pada tanggal 17 November 1959, P. Anton Aarts, SVD (Pastor Paroki) mulai membangun Gereja di tempat lain sebagai Gereja baru Paroki Onekore dengan luas bangunan 12 X 28 M. (Yang sekarang Gedung Paroki Onekore). 

Pada tanggal 5 Juni 1960 bertepatan dengan Pesta Pentekosta secara resmi Umat Paroki Onekore menggunakan Gedung Gereja yang baru. Pemindahan tempat Ibadat/Misa sebagai Gedung Gereja Paroki ditandai dengan perarakkan Sakramen Mahakudus. Jumlah umat dalam perkembangan semakin meningkat. Pada tahun 1976 dengan Pastor Paroki P. Cesar Raval, SVD saat itu dimulailah pembangunan Gereja Paroki Onekore yang lebih besar dengan ukuran 841 meter persegi dan bisa menampung umat sebanyak 1.350 orang. Dalam proses pembangunan dan untuk menyempurnakan bagian-bagian gereja seperti Jendela yang belum memiliki daun jendela dan daun pintu namun pada tahun 1977 untuk pertama kalinya Perayaan Ekaristi dirayakan di Gereja baru tersebut yang letaknya bersebelahan dengan gereja lama. 

Pada masa P. Marinus Krol, SVD sebagai Pastor Paroki Gereja Onekore perlahan-lahan disempurnakan menjadi sebuah  bangunaGereja yang indah. Tercatat pula pada masa P. M. Krol, SVD bahwa tahun 1981 dibeli sebidang tanah seluas 3983 meter persegi untuk keperluan tanah pekuburan.

Pada tanggal 3 Mei 1981 Gedung Gareja Paroki yang baru telah rampung dan ditahbisankan oleh Uskup Agung Ende, Mgr. Donatus Djagom,SVD. Dan Gedung Gereja lama, yang letaknya sebelah Utara Gedung Gereja baru mulai digunakan sebagai Gedung Paroki Onekore.

Umat terus berkembang, pergantian Pastor Paroki dari masa ke masa silih berganti. Pembangunan untuk menyempurnakan Gedung Gereja terus dilakukan. 

Pada 12 Desember 1992 Pulau Flore mengalami Bencana besar, yaitu Gempa Bumi dengan berkekuatan 7,8 pada skala richter. Kabupaten Sikka dan Ende adalah dua kabupaten yang mengalami dampak terparah dari kabupaten lainnya di daratan Flores.  Bersyukurlah Gedung Gereja Paroki Onekore  hanya mengalami kerusakkan ringan. Namun gereja lama yang dijadikan gedung paroki mengalami kerusakkan agak berat. Namun diperbaiki kembali pada tahun 1997.

Pada tahun 2018 masa  P. Hermanus Sina, SVD Gedung Gereja Paroki Onekore mengalami renovasi besar-besaran terkhusus bagian depan dan candi Gerejanya. Hal ini, sekalian dalam rangka merayakan Pesta Paroki St. Yosef Onekore yang ke-60. Gereja Onekore tampak megah yang disempurnakan oleh P. Johanes Balan, SVD, pastor rekan dengan menata taman halaman depan Gereja Onekore.

Kini, Umat Paroki St. Yosef Onekore boleh berbangga dengan kemegahan gerejanya. Namun Gereja adalah sebuah bangunan secara fisik, yang harus dibangun sebenarnya adalah kenisah Allah di dalam diri umatnya. Bangunan gereja secara fisik hanyalah sebuah sarana agar kita lebih menyadari bahwa Kenisah Allah (Gedung Gereja Rohani adalah tubuh kita sendiri). Rasul Paulus dalam Surat Pertamanya kepada Jemaat di Korintus mengatakan : “ Tidak tahukah kamu, bahwa kamu adalah bait Allah dan bahwa Roh Allah diam di dalam kamu” (1 Korintus 3:16).